MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clostridium perfringens str. 13 plasmid pCP13

Total Repeats: 1639

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003042	AT	3	6	50	55	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003042	TAGCTT	2	12	63	74	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_003042	TC	3	6	92	97	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_003042	ATTT	2	8	142	149	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003042	ATT	2	6	157	162	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003042	ATT	3	9	166	174	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003042	A	7	7	184	190	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_003042	CCT	2	6	193	198	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_003042	ATCT	2	8	252	259	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_003042	TA	3	6	287	292	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003042	TA	3	6	342	347	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003042	TA	3	6	361	366	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003042	TTA	2	6	381	386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003042	TTA	3	9	478	486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003042	ATT	2	6	513	518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_003042	AGA	2	6	581	586	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003042	CTT	2	6	596	601	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_003042	TTTTA	2	10	602	611	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003042	T	7	7	616	622	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003042	T	6	6	673	678	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_003042	CATT	2	8	685	692	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_003042	AGC	2	6	701	706	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_003042	A	6	6	708	713	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003042	CAA	2	6	762	767	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_003042	A	7	7	766	772	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003042	CAA	2	6	773	778	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_003042	GTT	2	6	799	804	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003042	A	6	6	914	919	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003042	GAA	2	6	942	947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081480
30	NC_003042	AAC	2	6	984	989	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15081480
31	NC_003042	AGA	2	6	1017	1022	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081480
32	NC_003042	TAT	2	6	1037	1042	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081480
33	NC_003042	TAG	2	6	1043	1048	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081480
34	NC_003042	TCAA	2	8	1059	1066	50 %	25 %	0 %	25 %	15081480
35	NC_003042	TAA	2	6	1154	1159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081480
36	NC_003042	GAAA	2	8	1219	1226	75 %	0 %	25 %	0 %	15081480
37	NC_003042	CAA	2	6	1252	1257	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15081480
38	NC_003042	AGA	2	6	1287	1292	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081480
39	NC_003042	ATT	2	6	1301	1306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081480
40	NC_003042	CCA	2	6	1321	1326	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15081480
41	NC_003042	AGA	2	6	1437	1442	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081480
42	NC_003042	TTC	2	6	1500	1505	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15081480
43	NC_003042	TAC	2	6	1506	1511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15081480
44	NC_003042	TAA	2	6	1515	1520	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081480
45	NC_003042	A	6	6	1556	1561	100 %	0 %	0 %	0 %	15081480
46	NC_003042	GTA	2	6	1594	1599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081480
47	NC_003042	GAA	2	6	1612	1617	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081480
48	NC_003042	TCT	2	6	1633	1638	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15081480
49	NC_003042	AGCAAG	2	12	1644	1655	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15081480
50	NC_003042	TTTAA	2	10	1688	1697	40 %	60 %	0 %	0 %	15081480
51	NC_003042	GGT	2	6	1736	1741	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003042	A	6	6	1798	1803	100 %	0 %	0 %	0 %	15081481
53	NC_003042	GAG	2	6	1817	1822	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15081481
54	NC_003042	TA	3	6	1853	1858	50 %	50 %	0 %	0 %	15081481
55	NC_003042	ATAG	2	8	1862	1869	50 %	25 %	25 %	0 %	15081481
56	NC_003042	AGA	2	6	1924	1929	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
57	NC_003042	TAG	2	6	1959	1964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081481
58	NC_003042	TAA	2	6	1995	2000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081481
59	NC_003042	GTG	2	6	2001	2006	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15081481
60	NC_003042	AGA	2	6	2009	2014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
61	NC_003042	TAAG	2	8	2025	2032	50 %	25 %	25 %	0 %	15081481
62	NC_003042	ATA	2	6	2108	2113	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081481
63	NC_003042	AG	3	6	2138	2143	50 %	0 %	50 %	0 %	15081481
64	NC_003042	A	6	6	2200	2205	100 %	0 %	0 %	0 %	15081481
65	NC_003042	ATT	2	6	2243	2248	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081481
66	NC_003042	GA	3	6	2291	2296	50 %	0 %	50 %	0 %	15081481
67	NC_003042	ATAA	2	8	2297	2304	75 %	25 %	0 %	0 %	15081481
68	NC_003042	GAA	2	6	2387	2392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
69	NC_003042	ATA	2	6	2414	2419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081481
70	NC_003042	GAT	2	6	2420	2425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081481
71	NC_003042	AAG	2	6	2445	2450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
72	NC_003042	GAA	2	6	2486	2491	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
73	NC_003042	AGAATT	2	12	2494	2505	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15081481
74	NC_003042	A	6	6	2507	2512	100 %	0 %	0 %	0 %	15081481
75	NC_003042	GAA	2	6	2519	2524	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
76	NC_003042	AGA	3	9	2548	2556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
77	NC_003042	TGAAAA	2	12	2587	2598	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15081481
78	NC_003042	A	8	8	2603	2610	100 %	0 %	0 %	0 %	15081481
79	NC_003042	TAA	2	6	2620	2625	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081481
80	NC_003042	GAA	2	6	2633	2638	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
81	NC_003042	GAA	2	6	2675	2680	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
82	NC_003042	AGA	3	9	2707	2715	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
83	NC_003042	AGA	2	6	2743	2748	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
84	NC_003042	TAA	2	6	2827	2832	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081481
85	NC_003042	AATT	2	8	2886	2893	50 %	50 %	0 %	0 %	15081481
86	NC_003042	TAA	2	6	2926	2931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081481
87	NC_003042	A	6	6	2936	2941	100 %	0 %	0 %	0 %	15081481
88	NC_003042	AGA	2	6	2959	2964	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
89	NC_003042	TTA	2	6	3014	3019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081481
90	NC_003042	A	6	6	3019	3024	100 %	0 %	0 %	0 %	15081481
91	NC_003042	GAT	2	6	3043	3048	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_003042	TA	3	6	3068	3073	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_003042	TA	3	6	3078	3083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003042	A	6	6	3151	3156	100 %	0 %	0 %	0 %	15081482
95	NC_003042	AATA	2	8	3173	3180	75 %	25 %	0 %	0 %	15081482
96	NC_003042	A	6	6	3197	3202	100 %	0 %	0 %	0 %	15081482
97	NC_003042	AAC	2	6	3215	3220	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15081482
98	NC_003042	ACC	2	6	3230	3235	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15081482
99	NC_003042	T	6	6	3281	3286	0 %	100 %	0 %	0 %	15081482
100	NC_003042	AGA	2	6	3293	3298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081482
101	NC_003042	AGA	2	6	3332	3337	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081482
102	NC_003042	AGA	2	6	3346	3351	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081482
103	NC_003042	ATA	2	6	3391	3396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081482
104	NC_003042	GA	3	6	3429	3434	50 %	0 %	50 %	0 %	15081482
105	NC_003042	AAGA	3	12	3452	3463	75 %	0 %	25 %	0 %	15081482
106	NC_003042	AT	3	6	3493	3498	50 %	50 %	0 %	0 %	15081482
107	NC_003042	TAA	2	6	3507	3512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081482
108	NC_003042	TAT	2	6	3538	3543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_003042	ATA	2	6	3546	3551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_003042	A	7	7	3557	3563	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_003042	TAA	2	6	3592	3597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_003042	ATT	2	6	3598	3603	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_003042	ATTA	2	8	3619	3626	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_003042	A	7	7	3646	3652	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_003042	A	6	6	3654	3659	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_003042	AAT	2	6	3680	3685	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_003042	CTT	3	9	3708	3716	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_003042	AAT	2	6	3720	3725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003042	AAG	3	9	3746	3754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_003042	T	7	7	3758	3764	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_003042	T	6	6	3784	3789	0 %	100 %	0 %	0 %	15081484
122	NC_003042	TA	3	6	3797	3802	50 %	50 %	0 %	0 %	15081484
123	NC_003042	AAT	2	6	3827	3832	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081484
124	NC_003042	ATTT	2	8	3852	3859	25 %	75 %	0 %	0 %	15081484
125	NC_003042	ATG	2	6	3861	3866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081484
126	NC_003042	TTC	2	6	3867	3872	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15081484
127	NC_003042	AAG	2	6	3873	3878	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081484
128	NC_003042	TAG	2	6	3943	3948	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081484
129	NC_003042	AAT	2	6	4039	4044	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081485
130	NC_003042	ACT	2	6	4112	4117	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15081485
131	NC_003042	AACA	2	8	4186	4193	75 %	0 %	0 %	25 %	15081485
132	NC_003042	AAT	2	6	4195	4200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081485
133	NC_003042	A	6	6	4236	4241	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003042	CTTA	2	8	4242	4249	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_003042	ATTA	2	8	4268	4275	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_003042	TTG	2	6	4299	4304	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_003042	TTA	2	6	4323	4328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_003042	ATGG	2	8	4337	4344	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_003042	TAA	2	6	4407	4412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_003042	AAG	2	6	4463	4468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_003042	TCA	2	6	4515	4520	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_003042	AGG	2	6	4529	4534	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_003042	TA	3	6	4592	4597	50 %	50 %	0 %	0 %	15081486
144	NC_003042	ACTAAA	2	12	4642	4653	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15081486
145	NC_003042	ATG	2	6	4667	4672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081486
146	NC_003042	TAA	2	6	4679	4684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081486
147	NC_003042	TGT	2	6	4688	4693	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15081486
148	NC_003042	TAA	2	6	4713	4718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081486
149	NC_003042	A	6	6	4717	4722	100 %	0 %	0 %	0 %	15081486
150	NC_003042	A	7	7	4805	4811	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_003042	CAAAT	2	10	4847	4856	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_003042	TAT	2	6	4860	4865	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_003042	TAT	2	6	4870	4875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_003042	TAG	2	6	4903	4908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_003042	TTTA	2	8	4932	4939	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_003042	TAT	2	6	4943	4948	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_003042	AT	3	6	4969	4974	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_003042	TAT	3	9	5018	5026	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_003042	TA	3	6	5034	5039	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_003042	TAA	3	9	5041	5049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_003042	TAA	2	6	5064	5069	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_003042	AAT	2	6	5081	5086	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_003042	AGC	2	6	5106	5111	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_003042	TCT	2	6	5124	5129	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_003042	TAT	2	6	5151	5156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_003042	TAT	2	6	5167	5172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081487
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174	NC_003042	T	7	7	5401	5407	0 %	100 %	0 %	0 %	15081487
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179	NC_003042	TTC	2	6	5517	5522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15081487
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262	NC_003042	TAA	2	6	8514	8519	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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271	NC_003042	GAAG	2	8	8781	8788	50 %	0 %	50 %	0 %	15081490
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281	NC_003042	A	10	10	9250	9259	100 %	0 %	0 %	0 %	15081491
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284	NC_003042	A	6	6	9383	9388	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_003042	TAT	2	6	9416	9421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_003042	TAT	2	6	9466	9471	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_003042	T	6	6	9513	9518	0 %	100 %	0 %	0 %	15081492
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421	NC_003042	AATTG	2	10	13617	13626	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
422	NC_003042	A	8	8	13628	13635	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
423	NC_003042	G	6	6	13641	13646	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
424	NC_003042	A	7	7	13657	13663	100 %	0 %	0 %	0 %	15081497
425	NC_003042	TTG	2	6	13709	13714	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15081497
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428	NC_003042	AGA	2	6	13875	13880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081497
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434	NC_003042	CAT	2	6	14093	14098	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15081497
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437	NC_003042	CTA	2	6	14171	14176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15081497
438	NC_003042	AT	3	6	14198	14203	50 %	50 %	0 %	0 %	15081497
439	NC_003042	GAT	2	6	14287	14292	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081497
440	NC_003042	TA	4	8	14351	14358	50 %	50 %	0 %	0 %	15081497
441	NC_003042	AGAATA	2	12	14386	14397	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15081497
442	NC_003042	A	7	7	14452	14458	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
443	NC_003042	T	8	8	14484	14491	0 %	100 %	0 %	0 %	15081498
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451	NC_003042	AATA	2	8	14677	14684	75 %	25 %	0 %	0 %	15081498
452	NC_003042	A	6	6	14708	14713	100 %	0 %	0 %	0 %	15081498
453	NC_003042	CAT	2	6	14718	14723	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15081498
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467	NC_003042	TTAA	2	8	15110	15117	50 %	50 %	0 %	0 %	15081498
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482	NC_003042	TA	3	6	15529	15534	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
483	NC_003042	A	7	7	15534	15540	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
484	NC_003042	A	6	6	15636	15641	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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491	NC_003042	T	7	7	15799	15805	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
492	NC_003042	T	7	7	15857	15863	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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